Molecular docking merupakan upaya mencari pose terbaik dari pasangan terbaik antara dua molekul. Metode ini dapat menduga interaksi antar protein yang kemudian bisa menjadi dasar untuk pengujian lanjutan.
Dosen IPB University dari Departemen Fisika, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Setyanto Tri Wahyudi memperkenalkan isu-isu penting seputar molecular docking. Masalah yang sering ditemukan pada studi docking di antaranya, akurasi binding site dari target protein, screening menggunakan database lignin yang tidak sesuai, kontradiksi hasil docking dengan hasil simulasi dinamika molekul, hingga ketidaksesuaian hasil docking dengan bioassay.
Bagaimana tanggapan anda mengenai artikel ini?
Dia menyebut semua permasalahan ini sering ditemukan pada beberapa jurnal ilmiah. “Harus dipahami bahwa yang dilakukan pada studi docking pada level komputasi, harus berhati-hati agar tidak terlalu over interpretasi atau overclaim pada studi docking ini,” kata Setyanto dalam Bioinformatics Webinar Series ke-15 Molecular Docking: Sudut Pandang Komputasional dan Eksperimental dalam keterangan tertulis, Jumat, 1 Juli 2022.
Peneliti Pusat Studi Biofarmaka Tropika IPB University ini juga mengatakan terkait struktur protein target harus dipilih struktur terbaik yang sudah tersedia dalam database. Solusi lainnya, dilakukan prediksi struktur menggunakan modeling. Selanjutnya, harus dicek kembali kualitasnya.
Peneliti juga harus memahami tipe protein yang diambil. Dia memberikan tips memilih struktur protein, salah satunya memperhatikan metode eksperimen yang digunakan. Sehingga, mendapatkan kualitas struktur protein terbaik.
Masalah kedua, binding site atau tempat penempelan. Ketiga, senyawa ligan dan strukturnya.
Peneliti harus menentukan apakah harus dilakukan pemrosesan optimasi geometrik lebih lanjut. Terutama bila mengambil dari database umum.
Isu keempat inhibitor atau agonis dan isu kelima adalah pemilihan docking algoritma-nya. Pemilihan docking algoritma ini akan terkait dengan mesin docking yang digunakan.
Tentunya, kata dia, akan memengaruhi akurasi dan biaya penelitian. Isu keenam pemilihan tipe docking yang bisa berdasarkan material maupun berdasarkan fleksibilitas dan lingkungan.
“Pemilihan ini juga memengaruhi mesin yang digunakan dan tidak bisa sembarangan,” tutur dia.
Setyanto mengatakan validasi dengan simulasi dinamika molekul sangat disarankan. Peneliti dapat melakukannya dengan mesin yang tersedia saat ini.
Dinamika molekul merupakan metode simulasi komputer untuk mempelajari pergerakan fisik atom dan molekul dalam bentuk trajektori. Simulasi ini sangat disarankan jika akan mendesain obat dengan bantuan komputerisasi.
“Metode ini cenderung berat untuk dilakukan dan tidak semua orang bisa mengerjakannya dan harus mempelajari metode ini sendiri. Perangkat kerasnya juga agak sulit ditemukan, sehingga perlu ada kerja sama antar peneliti dan bidang,” tutur dia.
(REN)
Artikel ini bersumber dari www.medcom.id.
